阿糖胞苷副作用包括红细胞、白细胞、血小板减少、恶心、呕吐、溃疡、肠道感染、肠组织坏死、皮肤过敏反应、红斑、红皮病、语言紊乱、共济失调等。阿糖胞苷是作用于细胞S增殖期的嘧啶类抗代谢药物,通过抑制细胞DNA合成,干扰细胞增殖。进入人体后经激酶磷酸化后转为阿糖胞苷三磷酸及阿糖胞苷二磷酸,可以抑制DNA聚合酶合成、抑制二磷酸胞苷转变为二磷酸脱氧胞苷、抑制细胞DNA聚合及合成。