做了巧克力囊肿手术还不怀孕可能是术后粘连、输卵管堵塞、卵巢早衰等原因导致的，需要根据不同的原因进行治疗。
1、术后粘连
巧克力囊肿手术通常是用于治疗巧克力囊肿的手术，手术过程中可能会对卵巢造成一定的损伤，如果术后没有及时进行护理，可能会引起粘连，影响卵子排出或精子与卵子结合，从而导致不孕。患者可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物来治疗，必要时还可以通过宫腔粘连分离术来治疗。
2、输卵管堵塞
如果巧克力囊肿手术时对输卵管造成损伤，可能会引起输卵管堵塞，影响卵子排出或精子与卵子结合，从而导致不孕。患者可以在医生的指导下服用甲硝唑片、阿莫西林胶囊等药物来治疗，必要时可以通过输卵管疏通术来治疗。
3、卵巢早衰
如果巧克力囊肿手术时对卵巢组织造成损伤，可能会引起卵巢早衰，影响卵子的分泌和排出，从而导致不孕。患者可以在医生的指导下服用戊酸雌二醇片、尼尔雌醇片等药物来治疗，必要时可以通过卵巢移植术来治疗。
除此之外，还可能是子宫内膜异位症等原因引起的，建议患者及时就医，避免病情加重。
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