通常情况下，没有治疗结肠炎的特效药的说法。一般可在医生指导下使用柳氮磺吡啶、、硫唑嘌呤等药物进行治疗。
1、柳氮磺吡啶
柳氮磺吡啶属于磺胺类抗生素药物，主要是通过抑制前列腺素的合成，抑制白细胞和血小板的聚集，从而起到抗炎的作用，对结肠炎有一定的治疗效果。但服用柳氮磺吡啶可能会引起血液系统的不良反应，如血小板减少、中性粒细胞减少等，所以患者在服用药物时一定要严格遵医嘱，不可私自用药。
2、
属于糖皮质激素类药物，具有抗炎、抗过敏的作用，能够减轻结肠炎引起的腹泻、腹痛等不适症状，所以对于结肠炎有一定的治疗效果。但患者在服用时要注意严格遵医嘱，不要长期大量服用，以免引起糖尿病、骨质疏松等不良反应。
3、硫唑嘌呤
硫唑嘌呤属于免疫抑制剂，能够抑制淋巴细胞的增殖，从而起到免疫调节的作用，对结肠炎有一定的治疗效果。但患者在服用硫唑嘌呤时，要注意在医生的指导下严格用药，不要私自用药，以免引起不良反应。
除此之外，还可以使用甲泼尼龙、氢化可的松等药物进行治疗。但如果患者症状比较严重，通过药物治疗效果不佳，则需要及时到医院就医，并在医生指导下进行对症治疗。
贵州省第二人民医院
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三级 综合医院 公立
北京大学第三医院
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上海交通大学医学院附属瑞金医院
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三级甲等 综合医院 公立
美沙拉嗪肠溶片
溃疡性结肠炎、节段性回肠炎（克罗恩病）。
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抑制下述情况时的血小板粘附和聚集 ：不稳定性心绞痛（冠状动脉血流障碍所至的心脏疼痛） ；急性心肌梗塞 ；预防心肌梗塞复发 ；动脉血管的手术后 ；动脉外科手术或介入手术后，如主动脉冠状动脉静搭桥术，PTCA） ；预防大脑一过性的血流减少（TIA：短暂性脑缺血发作）和已有前驱症状，如面部或手臂肌肉一过性瘫痪或一过性失明）后预防脑梗塞。
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深部真菌感染如芽生菌病、组织胞浆菌病、球孢子菌病。浅表真菌感染如花斑糠疹，阴道念珠菌病、足癣、手癣、体癣等，亦用于AIDS患者隐球菌病的长程治疗和中性粒细胞减少症患者真菌感染的预防。
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