卡氏肺囊虫广泛存在于自然界,其生活史尚不完全清楚。带虫者及病人为传染源。健康人感染后一般不发病但当免疫功能低下时易发病。当人体感染艾滋病毒后,免疫功能低下,进而感染卡氏肺囊虫引起发病。会有传染,但免疫功能正常者可不发病。