宝宝嘴里刚开始起三个囊肿，后来下去了，

这种情况可见于炎症感染导致，可以先使用阿莫西林颗粒等消炎药治疗，如果药物治疗效果不好，可以到儿科或口腔科就诊检查，根据具体病情采取相应的治疗。