真菌性食管炎的病原菌以念珠菌最为多见,其中最常见的是白色念珠菌,其次是热带念珠菌和克鲁斯念珠菌。其他少见的有放线菌、毛霉菌、组织胞浆菌、曲霉菌、隐球菌以及一些植物真菌等,这些菌是从外环境中获得的,其所引起的原发性食管感染仅见于严重免疫低下的病人。抗真菌素有多种,但国内外以制霉菌素应用最广,其有抑菌和杀菌的作用,制霉菌素肠道吸收很少,不会引起菌群失调。还有氟尿嘧啶和咪唑衍生物如克霉唑也可治疗念珠菌感染。常规治疗,一般持续10天,若症状未完全消失尚可延长,通常治疗后症状可迅速改善,X线及内镜下改变1周左右即可完全恢复,不留后遗症。