先天性肛瘘可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。
1、一般治疗
如果患者的病情相对比较轻微，并没有给身体带来严重的损伤，患者可以通过温水坐浴的方式进行缓解，在一定程度上可以达到自愈的目的。
2、药物治疗
如果患者局部出现了感染的情况，可以在医生的指导下，合理使用抗生素类的药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等。另外，如果伴有疼痛的情况，也可以遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等药物进行止痛治疗。
3、手术治疗
如果病情比较严重，通过上述治疗无法得到改善，而且伴有局部脓肿的情况，患者可以通过肛瘘切开术、肛瘘切除术等方式进行治疗，对治疗疾病有一定的帮助作用。
除此之外，还可以通过温水冲洗、饮食调整、红外线照射等方式进行辅助治疗。在日常生活中，还要注意平时的饮食健康，尽量吃清淡类的食物，也可以多吃润肠通便的食物。
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