新生儿心肌炎大部分是比较好治疗的，极少部分比较难治疗，需要根据病情而定，加强护理，积极治疗。
心肌炎主要是心肌局限性或者弥漫性的急性或者慢性炎症性病变。大部分新生儿心肌炎病情比较轻微，预后比较好，而且大部分是病毒感染导致的，所以治疗相对比较容易。但是部分新生儿心肌炎可能与细菌、真菌、支原体、衣原体、原虫等感染有关，容易导致心肌损伤，从而导致心肌炎的发生，病情相对比较严重，治疗难度也会增加。部分新生儿心肌炎可能是自身免疫性疾病导致的，一般治疗效果相对比较差。
新生儿心肌炎建议及时进行心肌酶谱检查、心电图、超声心动图等检查明确，尽早进行治疗，可以促进心肌功能恢复，降低发生后遗症的概率。而且还需要加强护理，积极预防并发症，比如避免感染，勤开窗通风换气，避免去人群密集的地方，避免与感染者密切接触等。
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