双侧巧克力囊肿手术后是否能自己怀孕，需要根据具体情况判断。如果患者病情较轻微，且恢复较好，则可能会自己怀孕，但如果患者病情较严重，且恢复较差，则可能不会自己怀孕。
1、能自己怀孕
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是由于子宫内膜异位到卵巢所形成的囊肿。如果患者病情较轻微，且囊肿体积较小，则通常可以通过手术治疗达到治愈的效果，可能不会影响怀孕。
2、不能自己怀孕
但如果患者病情较严重，且囊肿体积较大，则可能会导致卵巢的功能出现异常，还可能会出现盆腔粘连的情况，这种情况可能会影响怀孕。患者需要通过腹腔镜手术、经腹手术等手术方式进行治疗，将巧克力囊肿切除。同时，患者还可以通过辅助生殖技术进行怀孕。
建议患者在术后需要注意保持手术创口清洁卫生，以免引起感染的情况发生。同时，患者还需要注意保持清淡饮食，可以适当进食小米粥、面条等食物，避免食用辣椒、花椒等辛辣刺激的食物。
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