因为间质瘤是一种恶性的肿瘤，如果怀疑是的话，尽量不要在胃镜下活检，因为活检有可能导致肿瘤的转移或播散。如果真的是间质瘤的话最好是治疗方法是手术切除，GIST完全切除后5年生存率约为40%~65%，对于术中判断恶性潜能高的GIST，在膨胀性生长过程中肿瘤细胞可能突破包膜形成子瘤或播散至网膜，应切除大网膜。胃间质瘤疑有周围脏器浸润时，应联合脏器切除；对于直径＜5cm且距胃贲门或幽门有一定距离者，可行胃楔形切除术，但切缘应距肿瘤2cm以上，以保证切缘阴性；肿瘤较大或呈侵袭性生长者，切缘距离肿瘤应＞5cm，行胃大部切除或联合脏器切除。
手术的关键是术中完整切除肿瘤，尽量不要分破，所以找一个比较好的专家还是比较重要的。
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