你好，，儿子三岁时在医院做的疝气手术，

这种情况不一定是线头，线头一般不会持续两年存在，注意是否是皮肤病变，建议到医院皮肤科或外科就诊做一下检查，明确诊断后再进行治疗。如果是线头可以采取去除治疗。