肠镜做完后小肚子疼可能是由于肠道黏膜受到刺激所引起的，也可能是肠道穿孔、感染所导致的。
1、肠道黏膜受到刺激
在做肠镜的过程中，肠镜会对肠道黏膜造成一定的刺激，因此会出现短暂的疼痛。一般属于正常的生理现象，大约在1-2天后会逐渐缓解，不需要特殊治疗。建议做完肠镜后注意休息，避免过度劳累，以免加重不适症状。
2、肠道穿孔
如果在做肠镜时，医生操作不当，可能会导致肠道黏膜受到严重刺激，甚至会出现肠道穿孔的情况。此时患者可能会出现腹部疼痛、腹胀、恶心等症状，需要及时就医，并在医生的指导下通过手术治疗，比如修补手术等。
3、感染
如果在做完肠镜后不注意局部的护理，可能会导致局部受到细菌感染，从而出现局部疼痛、发热等现象。患者可以遵医嘱使用阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行抗感染治疗。同时还要养成良好的生活习惯，避免熬夜、吸烟、酗酒等，以免不利于病情的恢复。
此外，也有可能与肠梗阻、肠道肿瘤等有关，建议患者及时就医，以免延误病情。
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