舌头根部两侧疼痛，不能说通常是由于舌咽神经痛、舌乳头炎、扁桃体炎等原因导致的。
1、舌咽神经痛
舌咽神经痛是一种常见的耳鼻喉科疾病，患者会出现舌根疼痛、声音嘶哑等症状，建议患者遵医嘱使用卡马西平、苯妥英钠等药物治疗。
2、舌乳头炎
舌乳头炎是由于口腔卫生不佳、细菌感染等原因导致的，患者会出现舌根疼痛、充血等症状，建议遵医嘱使用阿莫西林、甲硝唑等药物治疗。
3、扁桃体炎
扁桃体炎是由于细菌感染、免疫力低下等原因导致的，患者会出现咽部疼痛、发热等症状，建议遵医嘱使用阿奇霉素、阿莫西林等药物治疗。
此外，还可能是咽炎、口腔溃疡等原因导致的，建议及时就医治疗。
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