巴氏腺囊肿一般是指前庭大腺囊肿，前庭大腺囊肿用药后变疼了可能是药物没有起到治疗效果，或者是囊肿增大、合并感染等原因导致的。
1、药物没有起到治疗效果
前庭大腺囊肿主要是由于前庭大腺管开口阻塞，分泌物积聚形成的囊肿。如果囊肿比较小，患者一般没有明显症状。如果囊肿比较大，患者可能会出现外阴坠胀感、性交不适等症状。如果患者囊肿比较小，症状比较轻微，此时使用药物治疗可能效果不明显，导致药物没有起到治疗效果，从而出现上述情况。建议患者可以在医生指导下通过前庭大腺囊肿造口术进行治疗。
2、囊肿增大
如果患者囊肿增大，已经出现明显的症状，此时使用药物进行治疗，可能会出现药物没有效果，囊肿增大的情况，从而引起疼痛的症状。建议患者可以在医生指导下通过前庭大腺囊肿切除术进行治疗，也可以通过二氧化碳激光造口治疗。
3、合并感染
如果患者在治疗期间不注意个人卫生，可能会导致局部细菌滋生，引起合并感染的情况，会使患者出现疼痛、红肿等症状。建议患者可以在医生指导下使用甲硝唑、替硝唑等药物进行抗感染治疗。
除此之外，还可能是合并有细菌性阴道炎、外阴阴道假丝酵母菌病、宫颈炎等原因导致的，建议患者及时去医院就医，明确疾病，对症治疗。
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