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生殖器疣都是由人乳头状瘤病毒感染所致。目前，已经发现有超过90种不同的人乳头状瘤病毒存在。其中，能感染生殖器病毒的被分为高危型或低危型。低危型——常见的生殖器疣通常是低危型人乳头状瘤病毒感染的表现，大部分为常见的6型和11型，极少与生殖器癌的发生有关。高危型——人乳头状瘤病毒16、18、31、33、39、42和51-54型与子宫颈癌的发生有关，故被冠之为“高危型”。人乳头状瘤病毒16型和18型更常表现为亚临床型感染，是与生殖器癌的发生关系最密切的类型。据估计，生殖器人乳头状瘤病毒感染的发生率在15-25岁性活动活跃的年轻人中为1%。然而，病毒学可以检测到的亚临床感染或潜伏期感染可能高达30-50%。