通常情况下，萆分清丸的副作用尚不明确，但该药物可能会导致患者出现胃肠道不适、过敏反应等副作用。
萆分清丸属于中成药，主要成分包括黄柏、黄连、白芍、大黄、地黄、当归、甘草、丹皮、泽泻等，具有清热利湿、解毒分清的作用，在临床上主要用于治疗湿热下注所致的白浊、尿频、尿急、尿痛、小便淋沥涩痛等症状。由于药物成分较多，部分患者服用后可能会出现胃肠道不适的副作用，例如腹泻、恶心、呕吐、腹痛等，同时，部分患者还可能会出现皮肤瘙痒、皮疹、头晕等过敏反应。因此，建议患者需要在医生指导下服用药物，避免自行服用，以免引起不良反应。
另外，对于孕妇、哺乳期妇女以及儿童不建议服用该药物。如果患者服用药物后出现副作用，建议及时停药，并及时就医治疗。同时，在服用药物期间，避免食用辛辣刺激性食物，以免影响药物效果。
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