黄芩与黄连在中药功效上的区别主要体现在药物来源、药性归经、药效以及治疗的疾病等方面。
1、药物来源
黄芩属于清热药，为唇形科黄芩属植物黄芩的干燥根，而黄连属于清热药，为毛茛科黄连属植物黄连、三角叶黄连或云连的干燥根茎。
2、药性归经
黄芩药性寒凉，入肺、胃、大肠经，具有清热燥湿、泻火解毒、止血、安胎的功效，而黄连药性苦寒，入心、脾、胃、胆、大肠经，具有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎的功效。
3、治疗的疾病
黄芩可以用于治疗湿热痞满、呕吐、泻痢、黄疸、肺热咳嗽、高热神昏、血热吐衄、目赤、牙痛、消渴等疾病，而黄连可以用于治疗湿热痞满、呕吐吞酸、泻痢、黄疸、肺热咳嗽、高热神昏、血热吐衄、目赤、牙痛、消渴等疾病。
需要注意的是，无论是黄芩还是黄连，患者都需要在医生指导下进行用药治疗，不可以私自用药，以免因用药不当造成不良后果。同时在服用黄芩或者黄连期间，需要避免与辛辣刺激性的食物同时食用，例如辣椒、花椒等，以免影响药物的治疗效果。
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