孕39周卵巢囊肿部位老是疼，可能是生理性因素引起的，也可能是病理性因素导致的，如卵巢囊肿破裂、蒂扭转等，需要根据不同的原因进行处理。
1、生理性因素
在孕晚期，体内的激素水平会发生变化，此时可能会刺激卵巢，导致卵巢囊肿出现疼痛的症状。通常属于正常的生理现象，不需要进行特殊治疗，一般在孕晚期结束后，症状可逐渐缓解。
2、卵巢囊肿破裂
如果在孕晚期，腹部受到外力撞击，可能会导致卵巢囊肿破裂，出现局部刺激性疼痛的症状。患者应及时就医，在医生指导下进行手术治疗，如剖宫产手术、腹腔镜手术等。术后应注意休息，避免进行剧烈运动。
3、蒂扭转
如果在孕晚期，孕妇进行剧烈运动或者是体位改变，可能会导致卵巢囊肿发生扭转，出现刺激性疼痛的症状。患者应及时就医，在医生指导下进行复位治疗。必要时，还需遵医嘱使用抗生素药物进行抗感染治疗，如头孢克肟、阿莫西林等。
除此之外，此类症状还可能与盆腔炎、阑尾炎、胆囊结石等因素有关，如果不适症状严重，应及时到医院就诊，以免影响胎儿和孕妇的健康。
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