眼睛不舒服是否可以做头部核磁共振检查，需要根据眼睛不舒服的具体原因判断。
头部核磁共振检查通常是利用磁场对人体进行扫描，能够判断人体的脑部是否存在病变。眼睛不舒服可能是长时间用眼引起的，也可能是眼部疾病导致的，如果眼睛不舒服的症状比较轻，一般可以做头部核磁共振检查，并不会对检查结果造成太大影响。但如果眼睛不舒服的症状比较严重，则不建议做头部核磁共振检查，因为头部核磁共振检查时需要对身体注射造影剂，可能会对身体造成损伤。
如果眼睛不舒服的症状较为严重，建议患者及时到正规医院的眼科就医，根据检查结果配合医生进行治疗。日常生活中，要注意合理用眼，避免长时间看手机、电脑等电子设备，以免导致眼睛不舒服的情况加重。
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