对于肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论。因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，而采取定期复查肾脏B超；如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发等。
肾囊肿的治疗方法较多，穿刺治疗和保守治疗较多。
肾囊肿穿刺治疗作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经观察也不能延缓肾功能损坏的发生。
手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。如果是双侧多囊肾，则需要移植一个健康肾脏，再切掉两个多囊肾。医学发展至今，这可能是治疗严重多囊肾的最好方法，但也不是很成熟，具有较强的风险性。
保守治疗是早期治疗的最好方法，虽然不一定能完全根除，却需要较长时间，但完全可以控制囊肿的生长，减少肾脏的损害，有效避或延缓免肾功能不全及尿毒症的出现。
肾囊肿的治疗方法较多，穿刺治疗和保守治疗较多。
肾囊肿穿刺治疗作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经观察也不能延缓肾功能损坏的发生。
手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。如果是双侧多囊肾，则需要移植一个健康肾脏，再切掉两个多囊肾。医学发展至今，这可能是治疗严重多囊肾的最好方法，但也不是很成熟，具有较强的风险性。
保守治疗是早期治疗的最好方法，虽然不一定能完全根除，却需要较长时间，但完全可以控制囊肿的生长，减少肾脏的损害，有效避或延缓免肾功能不全及尿毒症的出现。
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