大便真菌孢子是否会自愈，需要根据患者的具体情况进行综合判断。
1、可能会自愈
大便真菌孢子一般是由于真菌感染引起的，常见的真菌有念珠菌、曲霉菌、隐球菌等。如果患者的身体素质比较好，免疫力比较高，并且大便真菌孢子的数量比较少，一般通过改善饮食习惯、调整生活方式等方式，大便真菌孢子可以自愈。
2、可能不会自愈
如果患者的身体素质比较差，免疫力比较低，并且大便真菌孢子的数量比较多，一般无法自愈。患者需要在医生的指导下服用伊曲康唑胶囊、氟康唑片等药物进行治疗，还可以遵医嘱使用双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌类药物调节肠道菌群，有利于病情的恢复。
在日常生活中，患者需要注意饮食健康，避免进食变质食物，可以食用新鲜的水果蔬菜，如香蕉、西红柿等。同时还可以适当参加体育锻炼，如慢跑、打羽毛球等，提高身体免疫力。如果出现不适症状，建议及时就医治疗。
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