长期服用琪宁黄体酮,常见的不良反应为腹痛、头痛、头晕、热潮红、恶心、乳房疼痛、情绪抑郁、肌肉骨骼疼痛、倦怠感、腹部胀气、阴道分泌物增加、月经周期改变、月经中止或月经间出血等。其它可能的不良反应在黄体酮胶丸服用者中曾有报道,但未肯定由琪宁黄体酮胶丸引起,如口干、胸闷、发热、高血压、嗜睡、肌痛。