肛门闭锁常见的并发症是泌尿系统疾病,由于泌尿系统的病变对肾脏的影响较大,所以很容易造成肾积水、肾发育不良等病症,严重的肛门闭锁患儿甚至会出现脊椎和神经系统等相关的并发症,肛门闭锁的术后并发症主要是肛门狭窄和大便失禁,此外还可能出现合并尿道瘘的情况,一旦瘘复发需再次手术,手术难度更大。

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