通常情况下，巧克力囊肿月经后可能会变小，但是有些患者可能不会变小，需要根据具体的情况进行综合考虑。
1、可能会变小
巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的陈旧性积血囊肿。如果患者的病情比较轻微，而且积极配合医生进行治疗，此时月经后可能会出现变小的情况。但是要注意自身的护理，保持局部的清洁与干燥。
2、可能不会变小
如果患者的病情相对比较严重，而且不注意自身的护理，经常吃辣椒等辛辣刺激性的食物，此时月经后可能不会出现变小的情况。甚至还会伴有腹部疼痛、月经量增多等症状。
如果确诊为巧克力囊肿，建议患者遵医嘱配合使用米非司酮片、孕三烯酮胶囊等药物进行治疗，也可以通过腹腔镜手术等方式进行处理。另外，如果患者没有生育需求，建议通过手术进行根治，从而达到治愈的目的。
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