克山病的病因尚不清楚。第一种是生物地球化学的成因。这种情况一般与环境有关,可能是一种中毒理论,如亚硝酸盐中毒;缺乏某些物质,如硒、镁、钼等,换句话说,某些生物学定义,如某些病毒的感染,尤其是柯萨奇病毒的感染,可能与克山病有一定的关系。另外就是病毒感染有可能会导致克山病的发生,但确实目前对于克山病的,确切原因没有找到。