真菌性角膜溃疡早期可用药物治疗。常用的有氟康唑滴眼液和纳他霉素滴眼液。口服伏立康唑,静脉注射氟康唑。真菌性角膜溃疡的药物治疗是缓慢的,现有药物非常有限。如果真菌性角膜溃疡的药物治疗无效,应选择手术治疗。最常用的手术方法是结膜覆盖手术和角膜移植。根据疾病的严重程度,需要不同的外科手术。