复杂性肛瘘可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗等方式进行缓解，需要根据引起的原因进行综合考虑。
1、一般治疗
如果患者存在复杂性肛瘘的情况，可能是肛门组织受到细菌等微生物感染引起的，建议患者在日常生活中要注意局部的清洁与卫生，保持良好的饮食习惯，避免吃辛辣刺激性的食物，也要避免吃发物，比如鱼、虾等。同时，患者也要调整好不良的作息习惯，避免长期熬夜，以免影响到疾病的恢复。
2、药物治疗
如果患者出现复杂性肛瘘的情况，可能是肛门组织受到细菌等微生物感染引起的，建议患者遵医嘱使用高锰酸钾溶液、复方醋酸氯己定栓等药物进行治疗，可以达到抗菌消炎的效果。患者也可以遵医嘱使用头孢克肟颗粒、阿莫西林颗粒等药物进行抗炎治疗。
3、手术治疗
如果患者的病情比较严重，通过上述治疗无法得到改善，还可以通过肛瘘切开术、肛瘘切除术等方式进行治疗，有利于病情的后期好转。
除此之外，患者也可以通过温水坐浴等方式进行改善，可以促进局部的血液循环，在一定程度上也可以缓解患者的症状。
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