先有厌食、腹泻、低热，以后逐渐出现咳嗽，呼吸困难，肉眼可见肺广泛受侵较重，质地及颜色如肝脏，肺泡内及细支气管内充满泡沫样物质是坏死虫体和免疫球蛋白的混合物，肺泡间隔有浆细胞及淋巴细胞浸润，以致肺泡间隔增厚，达正常的5～20倍，占据整个肺容积的3/4，包囊开始位于肺泡间隔的巨噬细胞浆内，其后含有包囊的肺泡细胞脱落，进入肺泡腔；或包囊内的子孢子增殖与成熟，包囊壁破裂后子孢子排出成为游离的滋养体进入肺泡腔，肺泡渗出物中有浆细胞，淋巴细胞及组织细胞。
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