直肠炎虽然是炎症性疾病，但却是临床上最难处理的疾病之一。大部分直肠炎都是因为直肠黏膜对内外环境的敏感性过高及慢性细菌感染引起来的。治疗一般首先是抗感染治疗，但因为是慢性炎症，细菌对消炎药物的反应不敏感。其次是改善内环境，避免冷、热、凉、辣刺激性的食物的摄入，腹泻严重时可以口服思密达、易蒙停等止泻药物。这两个治疗方案临床效果都不满意。为了改善直肠炎造成的腹泻症状，临床上往往采用止泻药物灌肠的办法。常用锡类散、等药物灌肠，减轻肠道刺激症状。
因为直肠炎的慢性炎症很难除根，所以临床上病情会反反复复，迁延不愈。
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