甲胎蛋白是诊断原发性肝癌灵敏度最高的肿瘤标志物，化验甲胎蛋白多数用于原发性肝癌的检测。一般如果化验结果大于400μg/L的话，则存在患肝癌的可能性，但是还需要配合其它检查才能确认，因为有部分其它疾病也同样会使甲胎蛋白升高。另外甲胎蛋白也是孕产妇的产前检查常见的指标，用于检测胎儿有无先天性神经管缺陷畸的可能。
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