通常情况下，三个月宝宝脸上黑色素沉淀是否能自己消退，需要根据具体情况进行判断。如果是母乳引起的，一般会自行消退，如果是由于疾病引起的，可能不会自行消退。
1、会自行消退
如果宝宝是母乳喂养，由于母亲在怀孕期间吃了比较多的黑色素食物，比如黑芝麻、黑豆等，可能会导致宝宝脸上出现黑色素沉淀的现象。一般随着时间的推移，在宝宝六个月左右，母亲的黑色素沉淀现象会逐渐消退，不需要特殊治疗。
2、不会自行消退
如果宝宝脸上的黑色素沉淀是由于皮肤炎症刺激或者是先天性因素等原因引起的，一般不会自行消退。建议患者可以在医生的指导下使用维生素E乳、氢醌乳膏等药物进行治疗。同时，还可以在医生的指导下通过激光治疗、冷冻治疗等方式进行治疗。
建议家长在日常生活中，还可以适当地给宝宝补充营养，可以适量进食新鲜的蔬菜和水果。同时，还需注意宝宝的皮肤护理，避免使用刺激性的洗护用品。
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