亚急性细菌性心内膜炎可能是一种细菌、真菌或微生物感染。并伴有营养生长,其中含有大量微生物,因此,主要的处理原则是抗菌处理。应及早使用抗生素,在病原不清的情况下,应大剂量、长疗程使用杀菌抗生素,彻底消灭隐藏在体内的致病菌。可以选用对金黄色葡萄球菌、链球菌和革兰阴性杆菌有效的广谱抗生素,病原微生物分离后,应根据药物敏感性选择抗生素。