男士龟头疼痛的原因,首先有可能是因为尿道里有炎症引起的。其次,有可能是因为急性淋病或者细菌感染导致的,同时还会出现小便刺痛,有分泌物的情况。另外,还可能是因为尿道内结石引起的,例如后膀胱结石、尿道结石、输尿管结石等。此外,还有可能是因为精囊炎、慢性前列腺炎等病症引起的。