自身免疫性胰腺炎治疗周期要根据疾病的严重程度决定。急性轻度胰腺炎患者可在1周左右康复，不留后遗症。重度患者经积极治疗后，仍可能会有胰腺假性囊肿、胰腺脓肿和脾静脉栓塞等并发症，合并胰腺分泌功能不全。病因未去除的患者会经常复发，急性胰腺炎可转换为慢性胰腺炎。慢性胰腺炎的预后也主要取决于病因是否去除。
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