阴茎勃起时候疼痛可能是因为阴茎外伤,过度频繁的性生活,频繁手淫,尿道炎等疾病导致的。阴茎内部有两条阴茎海绵体和一条尿道海绵体,还有尿道从阴茎内部通过。当阴茎外伤损伤阴茎海绵体的时候,就会出现勃起疼痛的情况。性生活和手淫过度频繁,就会因为过度摩擦而导致阴茎疼痛。尿道炎是阴茎内部的尿道有炎症,勃起的时候,因为牵拉也会导致疼痛。