高三尖杉酯碱不良反应多见胃肠道反应。患者可能出现厌食、恶心、呕吐等症状,少数的患者可产生肝功能损害。其次高三尖杉酯碱对骨髓各系列的造血细胞均有抑制作用,对粒细胞的抑制较重,红细胞次之。除此之外,还可能导致心脏毒性,常见的心脏毒性包括窦性心动过速、房性心动过速、室性心动过速、早搏、ST段改变、T波平坦等心肌缺血表现。