通常情况下，肾囊肿里面有结石可能是饮食不当引起的，也可能是肾结石、肾囊肿合并感染等原因引起的，建议患者根据不同的原因选择不同的治疗。
1、饮食不当
如果患者长期吃含有草酸的食物，比如菠菜、马齿苋、甜菜等，可能会导致体内草酸含量过高，从而引起肾囊肿内出现结石的情况。建议患者可以多喝水，促进新陈代谢，可以使结石排出体外。同时，也可以适当进行跑步、跳绳等体育锻炼，有助于排出结石。
2、肾结石
肾结石是晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏内引起的一种疾病，可能与饮食、环境、代谢异常等因素有关。患者可能会出现恶心呕吐、烦躁不安、血尿等症状，部分患者可能会出现肾囊肿内有结石的情况。建议患者可以在医生的指导下，服用排石颗粒、肾石通颗粒等药物进行治疗。必要时，可以通过体外冲击波碎石术的方式进行治疗。
3、肾囊肿合并感染
肾囊肿是指肾小管憩室，是肾实质内的囊性病变，可能与先天性因素、遗传等因素有关。患者可能会出现腰痛、腹痛、发热等症状，部分患者可能会出现肾囊肿内有结石的情况。建议患者可以在医生的指导下，服用盐酸左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊等抗生素类药物进行抗感染治疗。必要时，可以通过肾囊肿切除术的方式进行治疗。
除此之外，肾囊肿里面有结石还可能是合并肾积水、肾囊肿破裂等原因导致的，建议患者及时去医院就医，明确疾病对症治疗。
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