质子重离子治癌的副效果是很小的。但不能说完整没有副效果。依据癌症的详细部位、照射量的多少而异。由于重离子线医治癌症有精度高、照射范畴小的优点,因此比起通常放射线医治,大大减少了对身体的负担。即便是接受一样的治疗计划的病患,也有个人的差别。