患者患有棘阿米巴角膜炎可以通过抗阿米巴药物进行治疗。抗阿米巴的药物主要有阳离子抑制剂,比如双氯苯双胍己烷。患者还可以服用抗真菌的药物,比如钠他霉素或者氟康唑滴眼液。如果患者棘阿米巴角膜炎比较严重,需要积极进行手术治疗。患者的溃疡比较浅,可以采用羊膜移植或结膜瓣遮盖手术治疗。如果患者病灶比较深,就需要做病灶清除,然后做板层的角膜移植。