用乳杆菌活菌胶囊有反效果，短时候利用所发生的反效果是很少，但是病患长时间服用乳杆菌活菌胶囊会就会造成病患阴道酸碱水平出现异常。
乳杆菌活菌胶囊可以调节女性阴道菌群，乳杆菌活菌胶囊会新陈代谢出大量的过氧化氢，可让女性阴道维持正常酸碱水平，可以有用抑制和清除女性阴道内有害菌群的发展，帮助女性阴道维持清洁健康的情况，其次乳杆菌活菌胶囊可以间接帮助女性及时补充阴道内的正常菌群，可以起到调节菌群的作用。
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