眼眶囊肿手术后可能会留下疤痕。眼眶囊肿手术需要切开皮肤以进入囊肿位置进行处理,此时会对皮肤造成一定的损伤,从而引发炎症反应,促进细胞外基质合成与积累,最终形成疤痕。若患者术后注意伤口护理,未发生感染或出现并发症,则可能不会产生明显疤痕。术后患者应避免剧烈运动,以免影响伤口愈合和恢复,减少疤痕形成的概率。