复方珍珠暗疮胶囊有副作用。病人服用药物后会出现恶心、呕吐等胃肠道反应,同时还会出现皮疹、瘙痒等症状,停药后症状会消失。餐后服用可减少不良反应的发生率,过敏者禁用。复方珍珠暗疮胶囊药性偏于寒凉,过量或者长期服用会增加不良反应的发生频率和程度,还可能会引起腹胀、腹痛和腹泻的症状,极个别患者会出现肝肾功能异常。