男性衣原体感染两年了,一般可以通过口服药物等方式进行治疗 。男性患者存在衣原体感染,可以使用大环内酯类的抗生素治疗,可以口服,可以静脉滴注。通过口服药物,绝大多数患者可能达到临床治愈。建议治疗后,需要定期复查。如果男性已婚,存在性交的对象,女性患者也需要同时进行检查和治疗,避免反复出现交叉感染。