非淋性尿道炎和淋病的主要区别是引起两种疾病的病原菌不一样。沙眼衣原体、白念珠菌及阴道滴虫等都会导致非淋菌性尿道炎病毒感染,淋病是由于淋病双球菌所致。两种病的临床症状也不一样,非淋菌性尿道炎初期分泌物呈乳白色,通常是慢性尿道炎所致。而淋病的开始症状是尿道口流出大量的黄色脓性分泌物,主要与急性尿道炎的症状相似。