经颅磁刺激仪治疗的禁忌症一般包括心脏起搏器植入术者、有金属植入物者、颅内出血者、颅内肿瘤者、妊娠期女性。
1、心脏起搏器植入术者
由于经颅磁刺激仪会对心脏起搏器植入术者产生干扰，所以一般不建议此类患者使用。
2、有金属植入物者
由于经颅磁刺激仪主要是通过磁场作用于大脑皮层，可以促进大脑皮层的血液循环，进而改善大脑的血液供应，所以存在心脏起搏器植入者不建议使用，以免导致心脏起搏器失效。
3、颅内出血者
颅内出血者主要是由于脑血管破裂，导致血液在局部聚积，进而引起的一种疾病。而经颅磁刺激仪可能会对脑血管造成刺激，容易导致病情加重，不利于病情恢复，所以一般不建议使用。
4、颅内肿瘤者
颅内肿瘤是指发生在颅腔内的神经系统肿瘤，大多是由于电离辐射、病毒感染等原因引起，常见于脑膜瘤、胶质瘤等。由于经颅磁刺激仪存在一定的辐射，如果患者存在颅内肿瘤，使用后可能会导致病情加重，不利于病情恢复，所以一般不建议使用。
5、妊娠期女性
由于经颅磁刺激仪存在一定的辐射，如果妊娠期女性使用，可能会导致胎儿的生长发育受到影响，严重时还可能会导致胎儿出现畸形的情况。
需要注意的是，经颅磁刺激仪需要在专业医生的指导下进行操作，患者不可自行盲目使用，以免由于操作不当而出现不适症状，同时患者在使用经颅磁刺激仪时还要注意避免接触到眼睛、口腔等部位。如果患者在使用经颅磁刺激仪后出现不适症状，需要及时到医院进行检查，并根据检查结果采取针对性治疗。
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