肛瘘通常发生在肛周任何部位,绝大多数都靠近肛门,而藏毛窦通常发生在骶尾部后正中或偏正中,多为骶尾部附近 。肛瘘是常见病,发病率高,而藏毛窦是属于少见病,发病率极低,藏毛窦可以发生在任何的部位,如果发生在肛门,就跟肛瘘有关系。它们是两种完全不同的疾病,都属于传染病,都需要手术治疗。