肛门病毒疣的治疗包括药物治疗、非手术治疗以及手术治疗。药物治疗包括局部药物治疗和全身药物治疗 ,局部药物治疗是主要治疗方法,主要包括5-氟尿嘧啶、三氯乙酸溶液以及鬼臼毒素酊等。全身药物主要是免疫调节药物,包括干扰素、胸腺肽等。简单治疗包括激光、冷冻和光动力疗法,其中激光和冷冻通常用于大型单发疣患者。