黄体囊肿和巧克力囊肿的区别在于黄体囊肿早孕期在黄体形成的,属于生理性囊肿,而巧克力囊肿是由子宫内膜异位症导致的,属于病理性囊肿 。黄体囊肿是指囊腔直径超过3厘米的黄体,一般可自行消退,不需要进行特殊治疗,而巧克力囊肿是指异位子宫内膜在卵巢内生长而形成囊肿,治疗上主要包括期待疗法、药物治疗、手术治疗以及联合治疗等。