肺炎链球菌肺炎首选青霉素类抗生素。但在出现肺炎链球菌耐药后，尤其是对青霉素耐药时，可选用头孢类抗生素，如头孢曲松、头孢噻肟等。也可以选择左氧氟沙星、莫西沙星等呼吸喹诺酮类药物来治疗肺炎链球菌感染，如果有多重耐药的肺炎链球菌，可以使用万古霉素、利奈唑胺等药物治疗。
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