先天性胆总管囊肿手术有一定的危险，任何手术都是有风险的，而先天性胆总管囊肿手术也不例外，但风险较小。
先天性胆总管囊肿是一种先天性的胆管发育畸形，是由于先天胆管发育不全导致的，会出现胆总管囊肿，压迫胆管和胰腺，引起黄疸、腹痛、腹部肿块等症状。先天性胆总管囊肿患者通常需要进行手术治疗，如果患者囊肿较小，可以通过微创手术进行治疗，如胆总管囊肿切除术等，此时一般不会对患者的身体造成太大的危险。但如果患者囊肿较大，并且已经出现了癌变的情况，需要通过开腹手术进行治疗，这种情况就比较危险，因为在手术过程中可能会出现大出血的情况，从而危及患者的生命。
在手术后患者要注意伤口的护理，保持局部清洁干燥，避免沾水，以免引起感染的情况。另外，患者在饮食上也需要注意，避免食用辛辣刺激、油腻的食物，如辣椒、肥肉等，以免加重病情，可以适量进食新鲜的蔬菜以及水果，如西红柿、胡萝卜、香蕉等，可以帮助患者补充身体缺失的营养，促进病情恢复。
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